Cardiovascolari: disfunzioni cardiache causate dall'ipopotassemia provocata dalla diarrea.
Centrali: disfunzioni neuro-muscolari causate dall'ipopotassemia indotta dalla diarrea.
Gastrointestinali: diarrea persistente con perdita di elettroliti (specialmente potassio), acqua e altri fattori nutritivi essenziali; crampi addominali, cambiamenti nella muscolatura intestinale associati a malassorbimento e dilatazione intestinale simile a coliti ulcerative o megacolon. Il bisacodil somministrato per via rettale può provocare irritazione e proctiti.
Metabolici: il bisacodil può aumentare la quantità di lipidi nelle feci.
Sistemici: debolezza muscolare, calo ponderale, nausea, vertigine, sincope; la causa di questi effetti collaterali è dovuta a un eccessiva perdita di acqua e sali.
Sono stati segnalati casi di ipersensibilità al bisacodil che si sono manifestati con reazioni anafilattiche ed edema angioneurotico.