La biodisponibilità assoluta di alprostadil è di circa il 98% per la somministrazione intracavernosa. Circa l’80% di alprostadil con somministrazione transuretrale è assorbito 10 minuti.
Dopo 30 e 60 minuti dalla somministrazione intracavernosa di 20 microgrammi di alprostadil, i livelli plasmatici periferici medi di questo principio attivo non sono risultati significativamente superiori ai livelli basali della prostaglandina 1 endogena (PGE1). Il principale metabolita dell'alprostadil, 15-oxo-13,14,-diidro-PGE1, presenta un picco massimo dopo 30 minuti dalla iniezione, per ritornare ai livelli precedenti la somministrazione 60 minuti dopo l'iniezione.
La distribuzione di alprostadil e dell’α-ciclodestrina somministrati in composto di inclusione avviene in modo indipendente dopo la somministrazione.
La concentrazione media di prostaglandina E1 (PGE1) endogena durante e dopo infusione endovenosa di placebo (durata: 2 ore) è risultata pari a 1-2 pg/ml (volontari sani). L’infusione endovenosa di alprostadil (60 mcg in 2 ore) determina un rapido aumento della concentrazione di PGE1 fino ad un valore costante (plateau) di circa 7 pg/ml che entro pochi minuti ritorna al valore basale alla fine dell’infusione.
Il 90% circa di PGE1 trovato è legato a proteine plasmatiche.
L'alprostadil, in tutte le sue forme di somministrazione, viene rapidamente metabolizzato nell'uomo.
Emivita stimata di circa 5-10 minuti (per somministrazione intracavernosa, intrauretrale, topica).
L'alprostadil viene metabolizzato principalmente a livello polmonare mediante reazione di ossidazione. Approssimativamente l'80% dell'alprostadil circolante può essere metabolizzato al primo passaggio polmonare. Il principale metabolita nell'uomo è il 13,14-diidro-15-ossi-alprostadil.
I metaboliti vengono escreti principalmente dai reni e l'escrezione risulta essenzialmente completa entro 24 ore. L’escrezione avviene per almeno il 90% attraverso le urine, il resto con le feci.
Non risulta che vi sia ritenzione a livello tissutale di alprostadil o dei suoi metaboliti.